改行コードや文字コードってWindows、Mac、Linuxの3大OSでそれぞれ違っていて、ソースコード管理で違ったモノが入っちゃうと面倒なのでeclipseを使う場合は設定して統一しておきましょう。
ここでは文字コードはUTF-8、改行コードはUnixにしています。
プロジェクトごとに設定する
プロジェクトのコンテクストメニューから[Properties]を開き、Resource画面で設定します。
全体で設定する
メニューから[Eclipse]->[Preferences...]を開き、Workspaceの設定でText file encoding、New text file line delimiterを設定します。
既存ファイルの改行コードを変更する
改行コードが違うファイルが混じってしまった場合、変更したいファイルを選択した状態で、メニューから[File]->[Convert Line Delimiters To]を選び好みの改行コードを選択します。
以上です。